Ban điều hành và xử lý các vấn đề khẩn cấp tại AFF Cup 2020 gồm 5 thành viên, do Chủ tịch AFF Khiev Sameth làm Trưởng ban. Nhiệm vụ của ban là xử lý các vấn đề phát sinh trong tiến trình tổ chức AFF Cup 2020. Tại AFF, ông Trần Quốc Tuấn là Ủy viên Hội đồng AFF, Phó Trưởng Ban thi đấu, Ủy viên Ban phát triển AFF.

Trước đó, AFF cũng đã quyết định bổ nhiệm giám sát trọng tài Đặng Thanh Hạ làm nhiệm vụ ở AFF Cup 2020. Về lực lượng trọng tài thì cho đến thời điểm này, các trọng tài Việt Nam chưa được mời để tham gia điều hành AFF Cup 2020. Trong những giải gần đây, AFF thường mời các trọng tài ngoài khu vực Đông Nam Á như một cách để đảm bảo sự công bằng, tránh các điều tiếng không hay.