Mùa hè 2013, Fernandinho gia nhập Man City từ Shakhtar Donetsk (Ukraine) với giá 34 triệu bảng. Kể từ đó tới nay, anh luôn là quân bài quan trọng trong lối chơi của Man City dưới các triều đại HLV.
Tầm quan trọng của Fernandinho bây giờ càng được tăng lên sau khi Vincent Kompany chia tay sân Etihad vào cuối mùa 2018/19. Lúc này, anh đang được HLV Pep Guardiola giao băng đội trưởng Man City.
Ở mùa giải 2019/20, khi Man City rơi vào cuộc khủng hoảng trung vệ (cặp Aymeric Laporte - John Stones chấn thương) thì Fernandinho cũng được kéo về đá tại trung tâm hàng thủ và phần nào hoàn thành nhiệm vụ được giao.
Với những gì Fernandinho đã đóng góp, BLĐ Man City đã lên kế hoạch ngồi lại thảo luận về các điều khoản mới sau Giáng sinh. Hợp đồng cũ của Fernandinho còn thời hạn tới tháng 6/2020. Nếu mọi thứ diễn ra suôn sẻ, Fernandinho sẽ tiếp tục gắn bó với Man xanh thêm 12 tháng.
Vấn đề lớn nhất là Fernandinho sẽ phải chấp nhận giảm nhẹ khoản lương đang nhận, 120.000 bảng/tuần sau khi gia hạn. Hiện phía ngôi sao người Brazil chưa lên tiếng về chuyện này.