Không chỉ chuyên môn, Pep còn để ý chăm sóc Messi ở nhiều khía cạnh khác từ giáo án thể lực đến thực đơn ăn uống của chàng trai trẻ. Khi phát hiện ra Messi chỉ thích ăn món thịt bò nhập từ Argentina, Pep đã lập tức can ngăn. Ông yêu cầu Messi phải ăn thêm nhiều cá, cấm tiệt nước ngọt, bắp rang, pizza và cả món conguitos (chocolate đậu phụng) mà Messi khoái nhất.

Chấn thương của Messi trong trận gặp Celtic hồi tháng 3/2008 khiến Pep phải quyết liệt hơn nữa trong việc nâng cao sự dẻo dai và khả năng chịu đòn của Messi. Ông chính thức cử bác sĩ Juanjo Brau theo Messi và thiết lập những bài tập thể lực riêng cho anh. 

"Messi là một cầu thủ khác biệt, nên xứng đáng được đối xử khác biệt," Brau nói. "Tất nhiên là nó không ảnh hưởng đến sự ổn định của đội bóng". Các cầu thủ của Barca cũng chấp nhận những đặc ân mà Messi được nhận mà không phàn nàn gì.

Brau và Pep đã thay đổi cách chơi của Messi, từ một cầu thủ cứ có bóng là xông thẳng vào hàng phòng ngự của đối phương và liên tục phải chịu đòn thành một cầu thủ biết tiết chế, chỉ tăng tốc khi nào thật cần thiết. 

"Đừng có chạy như điên nữa," Brau nói. "Hãy nghe cơ thể mình, nếu nó báo bất kỳ điều gì, hãy giơ tay lên mà báo cho tôi biết". Còn Pep thì nói: "Đừng tăng tốc chỉ để tăng tốc, hãy nhìn xung quanh nhiều hơn, chuyền được thì chuyền, hãy học cách đánh hơi một tình huống có thể ghi bàn. Hãy để dành sức cho những lúc ấy".

Những thay đổi ấy đã giúp Messi gần như là đoạn tuyệt với những chấn thương, vốn là nỗi ám ảnh kinh hoàng của anh và của chính Barca những năm trước đó. Messi đã biết cách dàn trải năng lượng ra hợp lý hơn. "Leo là một cầu thủ thông minh và chỉ cần có sự hướng dẫn xác đáng, cậu ấy lập tức hiểu chuyện," Brau nói. Thế là từ sau cuộc thay đổi ấy, Messi từ một cầu thủ mong manh trở thành một cầu thủ đứng đầu về thể lực. 

Nếu như đội bóng trẻ dạy cho Leo biết thế nào là tinh thần tập thể và chiến thuật, Frank Rijkaard cho Messi sự tự tin thì Pep Guardiola là người đưa Messi lên tột đỉnh trăng sao. 

Khi Messi đến Barcelona, anh cao 1,43 mét và nặng 35 kg. Đến khi Pep rời Barca, anh cao 1,69 mét và nặng 69 kg. Quan trọng nhất, anh đã tìm ra ngôn ngữ của cơ thể mình. Khi cựu Phó Chủ tịch Ferran Soriano (người đang làm Giám đốc điều hành cho Man City) hỏi Messi về Pep, ông nhận được câu trả lời: "Pep tuyệt vời đấy. Ông ấy nghiêm khắc, nhưng nghiêm đúng ".

Sau này, Messi luôn biết ơn những sự thay đổi đó. Nó giúp anh có một cơ thể khỏe mạnh hơn và gần như không còn dính những chấn thương rải rác như trước đó. Anh nói: "Vâng, người mà tôi học hỏi nhiều nhất chính là Guardiola. Không chỉ bởi vì kiến thức của ông ấy mà bởi cách ông ấy đã tận tình chăm sóc cho sự nghiệp của tôi vào thời điểm quan trọng nhất, là lúc mà bạn đang trưởng thành và học hỏi nhiều nhất".

Còn Pep thì bảo việc phát triển Messi giống như một sứ mệnh của mình vậy. "Messi là độc nhất vô nhị. Vì thế chúng tôi phải làm mọi cách để cậu ấy không cảm thấy chán, làm mọi cách để cậu ấy thoải mái nhất. Khi Messi chơi không tốt, đấy là vì môi trường xung quanh không tốt hơn là chính Messi không tốt". Chỉ vì để Messi cảm thấy thoải mái, Barca đã phải gia hạn hợp đồng cho Jose Manuel Pinto đang gần tuổi tứ tuần, chỉ vì anh là người bạn tốt nhất của Messi trong phòng thay quần áo.