Lượt trận cuối cùng của vòng bảng đã diễn ra vào sáng ngày 3/6 tại nhà thi đấu Rạch Miễu (TP.HCM). Ở bảng A, cuộc so tài có ý nghĩa quyết định đến ngôi đầu giữa Hà Nội và chủ nhà TP.HCM đã kết thúc với tỷ số 1-0 nghiêng về đội bóng Thủ đô. Bàn thắng duy nhất của Hà Nội do công của Đình Nguyên.
Ở trận còn lại, Nghệ An đã có chiến thắng danh dự trước Lâm Đồng với tỷ số 3-2. Ba bàn thắng của đội bóng xứ Nghệ đều do công của Tuấn Nguyên trong khi Da Gout Jak lập cú đúp cho Lâm Đồng.
Như vậy, Hà Nội kết thúc vòng bảng với 3 trận toàn thắng, bỏ túi 9 điểm. TP.HCM đứng nhì với 6 điểm. Nghệ An giành vị trí thứ ba với 3 điểm trong khi Lâm Đồng xếp chót khi toàn thua trong cả 3 trận. Kết quả này cũng đồng nghĩa, Hà Nội và TP.HCM đã giành 2 suất của bảng A vào bán kết.
Cục diện của bảng B tỏ ra rất gay cấn trước lượt trận cuối cùng khi cơ hội vào vòng đấu loại trực tiếp vẫn còn đối với Phú Thọ, Giáo dưỡng 4 và Điện Biên. Riêng Bến Tre đã chính thức bị loại sau 2 trận toàn thua.
Kết quả, Phú Thọ thắng Bến Tre 5-0 với 4 pha lập công của Tuấn Mạnh. Ở trận còn lại, Giáo dượng 4 vượt qua Điện Biên với tỷ số sít sao 3-2. Kết thúc vòng bảng, Điện Biên, giáo dưỡng 4 và Phú Thọ cùng có 6 điểm, nhưng Điện Biên giành vị trí nhất bảng B còn Giáo dưỡng đứng nhì trong lúc Phú Thọ phải chấp nhận đứng thứ ba do kém nhất trong chỉ số phụ của đối đầu trực tiếp.
Như vậy, 2 trận bán kết giải bóng đá trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt - cúp Tôn Hoa Sen 2018 lần thứ 19 sẽ diễn ra vào ngày 5/6 tại nhà thi đấu Rạch Miễu, TP.HCM như sau: TP.HCM gặp Điện Biên và Hà Nội so tài với Giáo dưỡng 4.
Kết quả
Phú Thọ - Bến Tre: 5-0
Hà Nội – TPHCM: 1-0Nghệ An – Lâm Đồng: 3-2
Giáo Dưỡng 4 – Điện Biên: 3-2
