Những năm cuối sự nghiệp cầu thủ, Rooney thi đấu cho DC United từ 2018 tới 2019. Sau khi chia tay với Derby County, Rooney không tìm được một bến đỗ thích hợp ở nước Anh nên quyết định trở lại Mỹ và cập bến đội bóng cũ theo hợp đồng 2 năm. Cho đến lúc HLV 36 tuổi lấy được visa lao động, HLV tạm quyền Chad Ashton vẫn sẽ tiếp tục công việc của mình.
"Wayne là một huyền thoại bóng đá và là một trong những HLV thú vị nhất gia nhập đội bóng của chúng tôi", Jason Levien, đồng chủ tịch của DC United cho biết. "Anh ấy đã chứng minh rằng mình biết phải làm gì để dẫn dắt một tập thể dù tuổi nghề vẫn còn non trẻ.
Wayne có sự thấu hiểu về giải đấu và biết cách làm sao để thành công ở MLS nhờ 2 năm thi đấu ở đây. Đam mê khi Wayne còn thi đấu đã truyền động lực cho cả thành phố và chúng tôi rất vui mừng chào đón anh ấy trở lại với tư cách HLV".
Trước đó, vào cuối tháng 6, Rooney thông báo với truyền thông về quyết định chia tay Derby County: "Hôm nay, tôi gặp Ban giám đốc để thông báo với họ rằng đã đến lúc tôi rời CLB. Họ đã rất cố gắng thuyết phục tôi đổi ý, nhưng tôi vẫn giữ nguyên quyết định".
Rooney gia nhập Derby County tháng 1/2020, trong vai trò cầu thủ. Từ tháng 1/2021, cựu tiền đạo MU chuyển sang làm HLV.
Tại giải hạng Nhất mùa trước, Rooney cùng Derby County thắng 14 trận, hoà 13 hòa và thua 19, giành 55 điểm. Tuy nhiên, do bị trừ 21 điểm vì nợ quá nhiều, đội chủ sân Pride Park rơi xuống áp chót và phải xuống hạng, kém nhóm an toàn 7 điểm.
