Trong lịch sử 13 mùa giải V-League được tổ chức, XMXT.SG là đội bóng thứ 3 bị trừ điểm sau Thể Công (V-League 2003) và SLNA (V-League 2008).

Ở mùa giải 2003, Thể Công bị trừ 3 điểm và phải nộp phạt 50 triệu đồng do thi đấu thiếu tích cực trong trận đấu thuộc vòng áp chót gặp Cảng Sài Gòn (thua 0-1 trên sân Hàng Đẫy). Thậm chí, sau sự cố này, ban lãnh đạo CLB Thể Công còn tiến hành một đợt “chỉnh huấn” để cải tổ đội bóng. Toàn đội được đưa lên Trường Sỹ quan Lục quân 1 huấn luyện hơn 1 tháng.

Tại mùa giải 2008, sự cố ẩu đả giữa CĐV SLNA và V.HP trên sân Vinh sau trận đấu giữa 2 đội ở vòng 18 khiến SLNA bị Ban Kỷ luật ra quyết định trừ 3 điểm. Tuy nhiên, sau khi đội này kháng án, hình phạt được xem xét lại và đội bóng xứ Nghệ chỉ bị trừ 1 điểm.

Tại giải hạng Nhất năm 2009, Sách Thành Nghĩa Quảng Ngãi bị loại khỏi giải do tự ý bỏ cuộc để phản đối trọng tài trong trận gặp Sài Gòn Utd ở vòng 22 (khi tỷ số đang là 2-1 nghiêng về Sài Gòn Utd ở phút 80). Việc Sách Thành Nghĩa – Quảng Ngãi bị loại khiến các trận đã đấu của đội bóng này từ đầu giải bị hủy bỏ, ảnh hưởng lớn đến cục diện của các đội trên bảng xếp hạng. CLB Sài Gòn Utd mất 6 điểm (thắng Sách Thành Nghĩa – Quảng Ngãi cả 2 lượt trận) và rớt hạng vào cuối mùa.