Theo điều lệ, vòng loại U17 QG – cúp Thái Sơn Nam 2016 gồm có 22 đội tham dự, được chia thành 4 bảng để thi đấu. 8 đội nhất nhì ở các bảng cùng 3 đội thứ ba có thành tích tốt nhất bên cạnh chủ nhà Tây Ninh sẽ góp mặt ở VCK.
Sau 2 lượt trận đi và về, vòng loại đã kết thúc vào chiều 16/6. Theo đó, HN.T&T, Viettel, HAGL, Sanatech.KH, SLNA, QNK Quảng Nam, PVF và Đồng Tháp đã giành vé trực tiếp dự VCK. 3 đội thứ ba có thành tích tốt nhất là Long An, SHB Đà Nẵng và Đắk Lắk. Trong số 12 đội dự VCK, QNK Quảng Nam lần đầu tiên góp mặt.
VCK sẽ diễn ra từ ngày 3/8 đến 18/8 tới. Nhóm A của VCK sẽ được tổ chức tại Tây Ninh. Trong khi đó, địa điểm tổ chức nhóm B sẽ đươc BTC thông báo sau. Nhiều khả năng, bảng đấu này sẽ được tổ chức tại Trung tâm thể thao Thành Long, TP.HCM. Tuần tới, BTC sẽ làm việc với các bên liên quan để đưa ra quyết định chính thức.
