Mạc Hồng Quân nổi lên là một tiền đạo đáng kỳ vọng khi trở về Việt Nam chơi bóng cuối năm 2012, cho đội U23 Việt Nam tại BTV Cup. Sau đó, cầu thủ Việt kiều này đã được gọi vào ĐT Việt Nam tham dự vòng loại Asian Cup 2015. Đến giai đoạn lượt về mùa giải 2013, Hồng Quân được Thanh Hóa ký hợp đồng, tuy nhiên những đóng góp của anh cho đội bóng xứ Thanh là không nhiều.

Dù vậy, Mạc Hồng Quân vẫn được HLV Hoàng Văn Phúc gọi vào ĐT U23 Việt Nam tham dự SEA Games 27, nhưng một lần nữa anh vẫn không thể hiện được năng lực của mình. Ở giai đoạn đầu V-League 2014, Mạc Hồng Quân chỉ được xếp trên băng ghế dự bị và cuối cùng cả 2 đã nói lời chia tay.

Để đến với HV.AG, Mạc Hồng Quân phải đền bù cho Thanh Hóa 500 triệu đồng. Liên quan đến hợp đồng, cựu tiền đạo của đội bóng xứ Thanh chỉ ký với đội bóng miền Tây đến hết mùa giải 2014.