Phía chủ nhà Malaysia muốn được chọn bảng đấu nhằm tạo lợi thế trong việc giành huy chương vàng. Theo đó, rất có thể Malaysia sẽ chọn bảng có 5 đội nhằm tránh việc phải thi đấu nhiều dẫn đến rủi ro chấn thương và thẻ phạt ở bán kết.
Khi bị truyền thông khu vực lên án mạnh mẽ, Tổng thư ký ủy ban Olympic Malaysia - Sieh Kok Chi đã bao biện rằng, trước đây một số nước chủ nhà cũng được quyền chọn bảng đấu môn bóng đá nam, trong đó có Việt Nam (SEA Games 22 năm 2003 tại Việt Nam). Nhưng khi đó, trong khu vực ĐNÁ chỉ có 8 đội tham dự nên các bảng đều có sự cân bằng về số đội và trình độ không quá chênh lệch.
Tham dự môn bóng đá nam SEA Games 29 sẽ có 11 đội, được chia làm 2 bảng nên chắc chắn sẽ có 1 bảng 6 đội. Nếu U23 Việt Nam rơi vào bảng này thì sẽ phải thi đấu tới 5 trận vòng bảng. Còn nhớ, tại SEA Games 28, U23 Việt Nam cũng rơi vào bảng có 6 đội, nên dù vào bán kết với vị trí nhì bảng B nhưng việc có nhiều ca chấn thương phát sinh đã khiến chúng ta không thể có lực lượng mạnh nhất ở bán kết gặp U23 Myanmar. Nước chủ nhà Malaysia đương nhiên nhận ra những rủi do khi phải thi đấu nhiều trận vòng bảng nên họ đã đưa ra điều lệ (dự thảo) có lợi cho mình như đã nói ở trên.
