Không giống như hầu hết các giải đấu quốc tế khác, Copa America luôn có những điều luật không giống ai. Tại Copa America 2016, kể từ vòng tứ kết các đội bóng nếu như hòa nhau sau 90 phút thi đấu sẽ không phải trải qua 30 phút của 2 hiệp phụ mà bước thẳng vào loạt sút phạt luân lưu.
Giải thích cho thay đổi này, người phát ngôn của BTC Copa America 2016 cho biết, do các cầu thủ mới trải qua một mùa giải với lịch thi đấu dày đặc tại châu Âu.
Ngoài ra, lịch thi đấu tại Copa America cũng khá gấp rút, cộng thêm nhiệt độ tại Mỹ tại thời điểm diễn ra giải đấu là rất nắng nóng, ảnh hưởng tới sức khỏe của cầu thủ các đội bóng.
Tuy nhiên, quy định này chỉ áp dụng ở vòng tứ kết và bán kết. Trong trận chung kết, nếu như 2 đội hòa nhau ở 90 phút chính thức sẽ phải bước vào hiệp phụ. Nếu như vẫn bất phân thắng bại sau 120 phút, 2 đội mới phải phân định thắng thua trên chấm 11m.
Ngoài việc bỏ đá hiệp phụ, BTC cũng có quy định về luật thẻ phạt. Theo đó, nếu một cầu thủ nhận 2 thẻ vàng trong 2 trận đấu khác nhau ở vòng bảng sẽ bị treo giò ở trận đấu tiếp theo (hoặc vòng bảng hoặc tứ kết).
Tích lũy thẻ phạt sẽ được thiết lập lại sau tứ kết. 2 thẻ vàng ở vòng bảng và tứ kết sẽ không áp dụng ở bán kết hoặc chung kết.
