Ở V-League, HN.T&T đoạt chức vô địch được nhận phần thưởng 4 tỷ đồng. Hạng nhì thuộc về SHB Đà Nẵng với phần thưởng 2 tỷ đồng trong khi hạng ba thuộc về HA.GL với phần thưởng 1 tỷ đồng. HA.GL còn đoạt giải phong cách với phần thưởng 200 triệu đồng. Hội CĐV SLNA đoạt giải Hội CĐV xuất sắc nhất với giải thưởng 20 triệu đồng. VPF cũng đã vinh danh nhà tài trợ Eximbank khi đã đứng ra tài trợ cho cả 3 giải đấu V-League, Cúp Quốc gia và hạng Nhất trong mùa giải 2013.

Ở giải thưởng cá nhân, HLV Phan Thanh Hùng đoạt giải HLV xuất sắc nhất (20 triệu đồng); Cầu thủ xuất sắc nhất thuộc về Gonzalo (HN.T&T, 20 triệu) và giải đồng vua phá lưới được trao cho Gonzalo và Samson (Hà Nội T&T, 20 triệu). Ngoài ra, BTC V-League còn trao phần thưởng 5 triệu đồng/cầu thủ cho 11 cầu thủ xuất sắc nhất của 11 đội.

Ở giải hạng Nhất, QNK.QN nhận 1 tỷ đồng cho phần thưởng vô  địch. Ở Cúp Quốc gia, Vissai Ninh Bình đoạt cúp với phần thưởng 1 tỷ đồng. Ngoài ra, Liên đoàn bóng đá Việt Nam còn trao giải cho các danh hiệu cao quý nhất của lực lượng trọng tài Việt Nam: Còi vàng Nguyễn Trọng Thư (30 triệu),  Còi bạc Võ Minh Trí (20 triệu), Còi đồng Phùng Đình Dũng (15 triệu), Cờ vàng Phạm Mạnh Long (20 triệu đồng), Cờ bạc Trần Thanh Liêm  (15 triệu), Cờ đồng Trần Minh Thắng (10 triệu).