Vào ngày 29/5 tới, Arsenal sẽ có trận đại chiến với Chelsea ở chung kết Europa League tại Baku, Azerbaijan. Tuy nhiên, Pháo thủ gặp tổn thất nghiêm trọng khi Mkhitaryan không thể ra sân do gặp trục trặc ở khâu hộ chiếu. Cụ thể, UEFA không đưa ra những đảm bảo cần thiết về sự an toàn của cựu tiền vệ Man United, trong bối cảnh căng thẳng chính trị leo thang giữa nước chủ nhà Azerbaijan và Armenia - quê nhà của Mkhitaryan.
Chia sẻ trên Instagram cá nhân, Mkhitaryan viết: "Sau khi đã xem xét tất cả các lựa chọn hiện tại, Arsenal phải đưa ra quyết định khó khăn là tôi sẽ không đi cùng toàn đội sang Azerbaijan dự chung kết Europa League. Đây là trận đấu không thường xuyên diễn ra trong đời cầu thủ, nhưng tôi phải chấp nhận. Điều này khiến tôi cảm thấy rất đau xót. Tôi sẽ cổ vũ cho các đồng đội của mình. Hãy mang cúp về nhé các anh em".
Trên trang chủ của mình, Arsenal cũng đưa ra thông báo: "Chúng tôi rất lấy làm tiếc phải thông báo rằng Henrikh Mkhitaryan sẽ không đi cùng toàn đội cho trận chung kết Europa League gặp Chelsea. Chúng tôi đã tìm mọi phương án giải quyết cho Micki, song sau khi bàn bạc với anh ấy cùng gia đình, chúng tôi đồng ý anh ấy sẽ ngồi nhà.
Chúng tôi đã viết thư cho UEFA bày tỏ mối quan ngại sâu sắc của chúng tôi về sự việc này. Micki là nhân tố quan trọng trong cuộc đua tới trận chung kết, vì vậy, đây là một mất mát lớn đối với chúng tôi từ góc độ đội bóng".
Mùa này, Mkhitaryan đã ra sân 11 trận tại Europa League cho Arsenal, đóng góp 3 đường kiến tạo.
