Trước đó, Mkhitaryan đã gặp khó khăn khi xin hộ chiếu do căng thẳng chính trị giữa Azerbaijan và đất nước quê hương anh là Armenia. Theo thông báo chính thức từ UEFA, tổ chức này đã làm tất cả những gì có thể để giúp cựu tiền vệ Dortmund và M.U. Họ thậm chí đã xin được bảo lãnh từ chính phủ Azerbaijan cho Mkhitaryan, nhưng cũng tôn trọng quyết định mà Arsenal đưa ra.
Quyết định của Arsenal là không điền tên Mkhitaryan vào danh sách những cầu thủ sẽ sang Azerbaijan để đá trận chung kết Europa League với Chelsea. Họ phớt lờ lời khuyên của UEFA với lý do chính đáng là an toàn của cầu thủ phải được đặt lên trên hết.
Trên trang web chính thức của mình, Pháo thủ xác nhận: "Chúng tôi rất thất vọng khi phải thông báo Mkhitaryan sẽ không tham dự trận chung kết Europa League với Chelsea. Arsenal đã xem xét tất cả những sự lựa chọn, nhưng sau khi thảo luận với Mkhitaryan và gia đình cậu ấy, tất cả đã thống nhất rằng cầu thủ này sẽ không lên đường tới Baku".
"Thất tiếc cho Mkhitaryan khi cậu ấy phải bỏ lỡ trận chung kết Europa League theo cách này, bởi đây là điều hiếm khi xảy ra trong bóng đá. Từ giờ cho tới khi Arsenal rời London tới Baku và cuối tuần, Mkhitaryan vẫn sẽ tập luyện và sinh hoạt bình thường giống như các cầu thủ khác trong đội".
