Halilovic trưởng thành từ lò đào tạo trẻ của Dinamo Zagreb và ra mắt đội hình chính khi mới 16 tuổi. Anh được đánh giá là một "Luka Modric mới" của bóng đá Croatia. Tại Dinamo Zagreb, Halilovic đã ghi 7 bàn sau 44 trận, trước khi chuyển tới Barcelona mùa hè 2014.
Bên cạnh việc được coi là truyền nhân của người đàn anh Luka Modric, Halilovic còn được ví von là "Messi vùng Balkan" nhờ vào khả năng chớp thời cơ, dứt điểm ghi bàn đa dạng. Tuy nhiên, cầu thủ sinh năm 1996 đã không thể phát triển khi chuyển tới Tây Ban Nha thi đấu và chỉ ra sân vỏn vẹn 1 trận cho đội chính cùng 30 trận cho đội Barca B.
Halilovic gia nhập Heerenveen theo dạng cho mượn
Năm 2016, Halilovic được Barca bán cho Hamburg với mức phí 5,5 triệu euro nhưng cũng không để lại nhiều dấu ấn với vỏn vẹn 6 trận ra sân tại Bundesliga trước khi được đem cho Las Palmas mượn. Tháng 7/2018, cầu thủ này chuyển tới AC Milan theo dạng chuyển nhượng tự do, nhưng lại bị đem cho Standard Liege mượn ở mùa giải trước và mùa giải này cập bến SC Heerenveen.
Hợp đồng của Halilovic với đội bóng Hà Lan có thời hạn đến cuối mùa giải này. Cầu thủ người Croatia được giới thiệu ra mắt chỉ sau Đoàn Văn Hậu vài tiếng.
Trong ngày ra mắt, HLV Gery Hemstra rất hào hứng khi có được sự phục vụ của Halilovic: "Chúng tôi giờ đã có thêm một tiền vệ sáng tạo, vị trí mà đội bóng đang tìm kiếm lâu nay. Halilovic có kĩ thuật tốt và sẽ tạo được nhiều cơ hội ghi bàn cho các tiền đạo. Chúng tôi rất vui khi đã kịp đưa cầu thủ này về ngay trước khi thị trường chuyển nhượng mùa Hè tại châu Âu đóng cửa".
