Ở mùa giải 2019/20, Thomas Mueller được ra sân 8 lần tại Bundesliga nhưng chỉ có 3 lần đá chính và 5 lần vào sân thay người. Còn ở đấu trường Champions League, Mueller cũng chỉ mới đá 90 phút (1 lần đá chính và 1 lần vào sân thay người).
Cá nhân ngôi sao người Đức từng lên tiếng về việc có thể chia tay Bayern trong thời gian tới sau khi không nhận được sự tin tưởng của HLV Niko Kovac. Sự xuất hiện của Philippe Coutinho (mượn từ Barcelona) đang khiến cho Mueller không được thoải mái.
Chính chủ tịch Uli Hoeness của Bayern cũng nói về trường hợp Mueller như sau: "Chỉ mới vài tuần trước, vài tháng trước thôi, người nào người nấy cũng kêu chúng tôi nên mua những tân binh đắt giá và chất lượng. Để rồi lúc Coutinho đến thì họ bắt đầu đặt câu hỏi tại sao không sử dụng Mueller. Nhưng rõ ràng khi Coutinho đến thì điều đó đương nhiên khiến Mueller gặp khó khăn".
Cá nhân GĐĐH Karl-Heinz Rummenigger khẳng định Mueller vẫn rất quan trọng với đội ĐKVĐ Bundesliga. Tuy vậy, Mueller có thể ra đi nếu mọi thứ không được cải thiện.
Hiện tại, M.U và Inter Milan đang rất quan tâm tới Mueller. Giao kèo giữa Mueller và Bayern còn thời hạn tới năm 2021. Mueller gia nhập Bayern từ năm 2000, thời điểm anh mới 11 tuổi và trải qua các cấp độ đội trẻ của Hùm xám trước khi được đôn lên đội 1 năm 2008.
Tính đến thời điểm này, chân sút 30 tuổi đã có 497 trận khoác áo Bayern, sở hữu 186 bàn thắng, giành được 21 danh hiệu lớn nhỏ, trong đó có 8 chức vô địch Bundesliga, 1 chức vô địch Champions League.
