Sau 3 năm gắn bó với Stuttgart, Timo Werner đã chuyển tới RB Leipzig vào mùa Hè 2016 với giá 10 triệu euro. Ngay trong mùa giải đầu tiên ở RB Leipzig, Werner thi đấu ấn tượng khi ghi tới 21 bàn thắng sau 31 trận và góp công giúp đội chủ sân Red Bull Arena giành ngôi Á quân Bundesliga 2016/17.
Ở mùa giải 2017/18, Werner đã ghi được 5 bàn thắng sau 6 lần ra sân cho RB Leipzig. Nhờ những bàn thắng của Werner mà đội bóng này đang xếp thứ 3 trên BXH Bundesliga. Hiện chân sút trẻ 21 tuổi này đang nhận được nhiều sự quan tâm của các CLB hàng đầu châu Âu. Mặc dù được Liverpool, Arsenal, Real Madrid và Barcelona quan tâm nhưng với Timo Werner, Old Trafford mới là nơi hấp dẫn anh nhất.
Phát biểu trong buổi trả lời phỏng vấn mới đây, Werner đã chia sẻ: "Khi là một cậu bé, bạn luôn mơ về CLB mà mình muốn thi đấu. Đó là Manchester United dưới thời Sir Alex Ferguson, đội bóng luôn chiến thắng. Các cậu bé luôn yêu thích những đội bóng hay giành chiến thắng".
"Được thi đấu cho M.U là giấc mơ mà tôi luôn mong đợi", chàng trai cao 1m81 nhấn mạnh.
