Năm 2008, Schweinsteiger dính chấn thương ở đĩa đệm trong trận hòa 2-2 với Belarus ngay trước thềm EURO năm đó. Rất may là chấn thương nhẹ và Schweinsteiger vẫn kịp bình phục để góp mặt. Trong năm 2009, Schweinsteiger dính chấn thương khá nặng ở đầu gối và phải lên bàn mổ, khiến anh phải nghỉ thi đấu giai đoạn đầu mùa. 

Trong các năm 2010 và 2011, những chấn thương ở đầu gối tiếp tục khiến Schweinsteiger gặp khó khăn. Vào cuối mùa 2010/11, Schweinsteiger bị gãy ngón chân trong trận đấu với Frankfurt ở vòng 31 Bundesliga. Mùa giải năm đó, Bayern chơi bết bát và phải chiến đấu để giành suất dự Champions League nên Schweinsteiger đã phải tiêm thuốc giảm đau để ra sân cho tới hết mùa.

Tiếp sau đó là hàng loạt những chấn thương ở các vị trí khác nhau trên cơ thể. Schweinsteiger chấn thương bả vai vào cuối năm 2011, chấn thương dây chằng ở đầu gối phải trong vào cuối mùa 2011/12, bắp đùi đầu năm 2012.... Những chấn thương khiến Schweinsteiger không có thể lực tốt nhất và Bayern của anh năm đó đã không thể vô địch Champions League dù được tiếp Chelsea ở trận chung kết trên sân nhà.

Càng cao tuổi, tiền vệ của M.U càng tỏ ra mong manh. Đặc biệt, những chấn thương trước đó ở đầu gối tái phát khiến cho Schweinsteiger không duy trì được thể lực tốt nhất. Dưới thời Pep Guardiola tại Bayern, Schweinsteiger thường bị thay ra vào cuối trận do không đảm bảo được thể lực. Đó cũng là một phần nguyên do dẫn tới việc Bayern đã để Schweinsteiger sang đầu quân cho Man United.

Song, việc chọn đến chơi ở một giải đấu đề cao thể lực và tốc độ như Premier League dường như là một sai lầm của Schweinsteiger. Kể từ đầu mùa cho tới nay, Schweinsteiger đã 4 lần phải nghỉ thi đấu do những chấn thương nặng nhẹ khác nhau. Đáng kể nhất là chấn thương ở đầu gối khiến anh nghỉ thi đấu từ 12/01 tới 06/3. Chính chấn thương này đã tái phát trong lúc anh tập luyện cùng ĐT Đức và khiến Schweinsteiger đối diện nguy cơ vắng mặt tại EURO 2016.