Năm 2006, Zidane đã 33 tuổi. Dù vậy anh vẫn là ngôi sao hàng đầu thế giới. Với ĐT Pháp, Zidane tại World Cup 2006 thậm chí đóng vai trò còn quan trọng hơn so với lần anh dẫn dắt thế hệ vàng đăng quang trên sân nhà 8 năm trước.

ĐT Pháp của năm 2006 là một tập thể có khá nhiều gương mặt trẻ giàu tiềm năng, như Franck Ribery (3 lần khoác áo ĐTQG), Eric Abidal (8 lần), Florent Malouda (13)… Zidane vì thế đóng vai trò điểm tựa, hướng dẫn và truyền cảm hứng cho thế hệ đàn em. Anh đã hoàn thành khá tốt nhiệm vụ này. Trong 4 trận ở giai đoạn loại trực tiếp, thì có tới 3 trận Zidane ghi bàn. Ngoài ra, anh còn là người điều tiết thế trận, giúp Pháp vượt qua nhiều đối thủ nặng ký như Tây Ban Nha, Brazil và Bồ Đào Nha để tiến vào chung kết. Đặc biệt, trong trận tứ kết với Brazil, Zidane có một loạt pha xử lý đẳng cấp thuộc hàng kinh điển.

Zidane có màn trình diễn kiệt xuất từ vòng bảng tới bán kết. Trước trận chung kết, Ủy ban kỹ thuật của FIFA tiến hành bầu chọn cầu thủ xuất sắc nhất giải đấu và tiền vệ hói đầu này vượt lên trên tất cả. Đấy là lựa chọn dễ dàng, trong bối cảnh Zidane quá hay.

Phong độ xuất sắc đó tiếp tục được Zidane thể hiện cho tới phút 109 của hiệp phụ trận chung kết. Trước khi bước vào khoảnh khắc lịch sử này, Zidane đã thành công với nhiệm vụ dẫn dắt đồng đội tạo nên một thế trận lấn lướt của Pháp trước Italia. Chính anh là người mở tỷ số cho Pháp ngay từ phút thứ 7. Đến giữa hiệp 1, tới lượt Marco Materazzi cân bằng tỷ số 1-1 cho Italia. Để rồi đến phút 110, hai con người này cùng nhau tạo nên một khoảnh khắc lịch sử của bóng đá thế giới. Zidane húc đầu vào ngực Materazzi và phải nhận thẻ đỏ. ĐT Pháp từ chỗ chiếm ưu thế đã để thua Italia sau loạt sút luân lưu.

Sau trận đấu, nhiều chuyên gia đọc khẩu hình phân tích và kết luận Materazzi xúc phạm mẹ và chị gái của Zidane. Chính điều đó đã dẫn tới cú húc đầu lịch sử của bóng đá thế giới. 10 năm sau, theo một cuộc thăm dò của tờ France Football, Materazzi vẫn là cầu thủ bị người Pháp căm ghét nhất. Về phần Zidane, trận chung kết World Cup 2006 trở thành một dấu mốc buồn. Anh tuyên bố kết thúc sự nghiệp ngay sau đó.