Sau quá trình đàm phán kéo dài khá lâu, Công Phượng đồng ý sẽ gia nhập Yokohama FC, đội bóng vừa giành quyền thăng hạng J-League 1. Trước khi đồng ý đến với Yokohama FC, Công Phượng được nhiều đội bóng Việt Nam muốn đưa về thi đấu nhưng chân sút này có định hướng khác để vừa ổn định sự nghiệp và được gần gũi bên gia đình. Tới đây, anh sẽ sang Yokohama FC và đưa vợ con sang sinh sống dài hạn.
Ở tuổi 27, Công Phượng có thêm một lần thử sức ở môi trường bóng đá Nhật Bản. Năm 2016, anh chuyển đến Mito Hollyhock nhưng không để lại dấu ấn nào. Sau đó, Công Phượng đến Bỉ thi đấu trong màu áo Sint Truidense và tiếp tục gặp nhiều khó khăn.
Nhưng ngay khi quay lại V-League, Công Phượng lấy lại phong độ và liên tục ghi bàn dù thi đấu cho HAGL hay CLB TP.HCM. Nhìn chung, anh vẫn là cầu thủ hàng đầu của bóng đá Việt Nam dù không phải lúc nào cũng chơi hay khi được triệu tập lên đội tuyển quốc gia.
Công Phượng vẫn đang trong quá trình hồi phục chấn thương và sẽ không tham dự AFF Cup 2022 cùng đội tuyển Việt Nam. Như vậy, tiền đạo này chỉ có 3 kỳ AFF Cup vào các năm 2016, 2018 và 2020.
